En los primeros tiempos del establecimiento de los españoles en territorio americano, la Corona había llegado a una especie de "trato a fuerzas" con sus leales vasallos a quienes debía el ensanchamiento de sus dominios: la concesión de las llamadas encomiendas, que no eran otra cosa si no latifundios propiedad perpetua de los conquistadores castellanos, que no sólo contaban con grandes extensiones de tierras sino que incluso ponía en propiedad de los españoles la vida de los indios americanos que se encontraran en ellas.
La situación permaneció de esta forma hasta 1563, cuando la Corona abolió la perpetuidad de las encomiendas hasta la tercera generación, dejando así a los hijos de los conquistadores con la rentas amasadas por sus padres, pero a los hijos de estos últimos los dejaba en la ruina económica. Así existía grave descontento en la colonia española, y una clara intención de rebelarse por parte de los encomenderos.
Martín Cortés Zúñiga, hijo del conquistador Hernán Cortés con Juana de Zúñiga; siendo el único vástago del Hernando, este heredo el título del Marques del Valle de Oaxaca. Haciendo un resumen corto de su vida, diremos que fue servidor de Felipe II, a nombre de quien luchó en las batallas de San Quintín y en los Países Bajos.
Pasados estos acontecimientos, en 1563 regresa a Nueva España tomando posesión de su encomienda juntos a sus hermanos Luís y Martín. El heredero de Hernán Cortés fue agasajado casi cual si fuera rey, ya que en la práctica tenía más poder económico que el representante de la Corona, don Luís de Velasco.
A la muerte del virrey de Velasco en 1564, el cabildo de la ciudad nombra a Martín Cortés Capitán General, lo que le crearía graves problemas entre él y el gobierno del virreinato, siendo que Martín había de tomar partido contra la intención de la Corona de abolir la perpetuidad de las encomiendas y esto hacía que los hijos de los conquistadores pugnaran por evitar se nombrara a un nuevo virrey y que el gobierno de Nueva España se otorgará a Martín Cortés.
Esta situación creo la intentona de los encomenderos por independizar el virreinato; entre los principales conjuradores se encontraban los hermanos Gil y Alonso de Ávila, hijos del conquistador Gil González de Benavides. Al saberse a punto de perder sus tierras y privilegios, los hermanos fraguaron el plan de asesinar a las autoridades de la Real Audiencia y jurar fidelidad a Martín
Realmente, la intención no pasó de eso... una idea creada por la desesperación de los herederos por conservar los privilegios ganados por sus padres. El punto es que, llevada está idea a ciertos extremos propios de la insensatez de dos jóvenes, se llegó a pensar no sólo en conservar el régimen de encomiendas, sino separar a Nueva España de la metrópoli y fundar una monarquía criolla, punto que otros movimientos de independencia recogerán en el futuro distante.
En todo este juego, el papel del hijo de Hernán Cortés es muy ambivalente: se dice que carecía del carácter decisivo de su padre, y por tanto jugaba entre los dos bandos, apoyando secretamente a los conjurados, pero jurando fidelidad al Rey de España y a las autoridades; actitud que a la salva, le agenciaría el favor del próximo Virrey, conservando con ello la vida. El movimiento no prosperó por la rencillas entre los cabecillas: fueron descubiertos y arrestados Martín y sus hermanos, junto con los hermanos Ávila el 16 de julio de 1566.
Tras los acontecimientos que pusieron fin a la conjura de Cortés, el rey Felipe II mandó a Alonso de Muñoz y dos personas más como visitadores para investigar los pormenores. Ansioso por demostrar su valía, Muñoz se encargó de ejercer acción judicial contra Martín Cortés y todos los relacionados con la conjura, llenando la Ciudad de México de terror. Trató el visitador de sacarle más información sobre la conjura pero no lo logró. Don Martín fue desterrado de las Indias, desde las cuales llegó a España donde murió el 13 de agosto de 1589.
El visitador Muñoz fue destituido tiempo después debido a sus excesos, siendo también desterrado y tachado como asesinos por los funcionarios reales. Al obtener audiencia con el rey don Felipe, este le increpó "no os envié a las Indias a destruir, sino a gobernar". Al día siguiente, Muñoz fue encontrado muerto en sus aposentos.